作風としては『ブギーポップシリーズ』を中心に、
SF作品としての傾向が強く、『事件シリーズ』や『ソウルドロップシリーズ』のように、SFと
ミステリの融合を試みたものも多く見られる。本格ミステリに近い
推理小説としては『しずるさんシリーズ』等が上げられる。また人物の描写として、青春を感じさせる若者の心理的要因や、社会や組織に有って生きる人間など、場所も時系列も違う複数の登場人物を、それぞれの視点で進行する独特の描き方をする。
全作品に共通する登場人物の性格付けとして、国内メディア作品の青少年キャラクターには多い「若さ故の無鉄砲さ」や「若さの象徴としての、実態のない体制への理由無き反骨心や反逆心」(上遠野自身曰く「身の程知らず」な人間)を書く事がないのも特徴で、多くの登場人物は体制の仕組みの中に取り込まれている事を皆理解しながら、そのまま諦観しているか、それでも大切な何かを持っているかを描いている。