平安時代後期、阿弥陀信仰が強まり
浄土教が盛んになってくる中で、熊野の地は浄土と見なされるようになった。
院政期には歴代の
上皇の参詣が頻繁に行なわれ、
後白河院の参詣は34回に及んだ。上皇の度重なる参詣に伴い熊野街道が発展し、街道沿いに
九十九王子と呼ばれる熊野権現の御子神が祀られた。
鎌倉時代に入ると、熊野本宮大社で
一遍上人が阿弥陀如来の化身であるとされた熊野権現から神託を得て、
時宗を開いた。熊野三山への参拝者は日本各地で修験者(
先達)によって組織され、
檀那あるいは
道者として熊野三山に導かれ、三山各地で契約を結んだ
御師に宿舎を提供され、祈祷を受けると共に山内を案内された。熊野と浄土信仰の繋がりが強くなると、
念仏聖や
比丘尼のように民衆に熊野信仰を広める者もあらわれた。また観音の化身とされた牟須美神を祀る那智大社の那智浜からは観音が住むという
補陀落を目指して、大勢の僧侶が小船で太平洋に旅立った。次第に民衆も熊野に頻繁に参詣するようになり、俗に「蟻の熊野詣で」と呼ばれるほどに盛んになった。また、各社で発行される
熊野牛王符(または牛王宝印(ごおうほういん)とも)は
護符としてのほかに、
起請文(誓約書)の料紙として使われ、この牛王符に書いた誓約を破ると
神罰を受けると信じられた。