1392年、皇太子の朱標が病死し、朱標の次男である朱允?(
建文帝)が二世皇帝に指名される。
1398年5月に洪武帝が死去すると、朱允?は16歳で即位。建文帝にとって叔父に当たる朱棣ら諸王は警戒されていた。即位後の建文帝は、権力強化のために側近の
斉泰や
黄子澄の進言を容れて、大々的な削藩政策を強行し、5人の王を廃絶した。朱棣に対しては燕王府の軍の解体を命じるなどの挑発を行い、朱棣は服従の意思を示すが、建文帝は王位を剥奪するための罪状作りの情報を集め、朱棣は包囲される。
1399年7月、朱棣は
軍師の
姚広孝の進言を容れ、北平(現在の
北京)において挙兵。朱棣は『皇明祖訓』に基づき、建文帝の側近である斉泰と黄子澄の両名を「君側の奸」として討伐することを大義名分にしている。皇帝側ははじめは優勢であったが敗退を重ね、斉秦は敗戦の咎により司令官を解任される。李景隆は燕軍に降伏、方孝孺が指揮する軍も大敗を喫し、1402年6月には
首都南京が陥落。建文帝は宮殿に火を放って自害したとされるが遺体は発見されなかった。その後、建文帝は南京落城の混乱の中で僧侶に変装し、
雲南に逃亡したする生存説が流れることになった。
兵力、物量のいずれにおいても燕王軍を凌いでいた明軍が燕軍に敗れ、永楽帝のクーデターが成功した理由として、皇帝側には洪武帝時代の度重なる粛清で有能な将軍が少なかったと言われる。燕王が北方の
モンゴルに対する防備に従事していた精鋭軍であったのに対し、建文帝には側近の斉泰や黄子澄のほか、
李景隆(
李文忠の子)や
方孝孺といった文官しかいなかった。これに比べ、燕王側は軍師の姚広孝、
丘福・
朱能・
張玉や、燕王の次男の
朱高煦といった有能な軍人や参謀と評価される人材が揃っていた。また、建文帝の温和な性格や永楽帝の軍事的資質も指摘される。